به گزارش ایسنا، در نامه علی مطهری خطاب به آیت‌الله محمد یزدی که در اختیار ایسنا قرار گرفته، آمده است:
«جناب آقای محمد یزدی دامت برکاته
با اهداء سلام، در خصوص نامه جناب‌عالی به آیت‌الله شبیری زنجانی، مرجع تقلید، چند نکته قابل ذکر است:
۱. در این نامه جناب آقای سید محمد خاتمی و همفکران ایشان را «افراد مسئله‌دار که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام رهبری احترامی قائل نیستند» معرفی کرده‌اید و ملاقات با آنها را امری قبیح و موجب «ناراحتی و تعجب مقلدین و حوزویان» دانسته‌اید.
همه اینها نیاز به اثبات دارد. «مسئله‌دار» کسانی هستند که در سال ۸۸ تحت این عنوان که مقام رهبری از یک کاندیدای خاص حمایت می‌کند انتخابات را از حالت طبیعی خارج کردند و حق اعتراض معترضان را نیز به رسمیت نشناختند و آنها را برانداز نامیدند و شد آنچه که نباید می‌شد. در واقع چنین افرادی برای نظام جمهوری اسلامی و مقام رهبری احترامی قائل نشدند.
فرضاً بپذیریم جناب آقای خاتمی و همفکرانشان افرادی مسئله‌دار هستند که برای نظام جمهوری اسلامی و مقام رهبری احترامی قائل نیستند، قباحت ملاقات یک مرجع تقلید با آنها را از کجا درآورده‌اید؟ اگر مسئله‌دار هستند آیا نباید مسئله آنها حل شود؟ مراجع تقلید به مثابه چتری بر سر همه مردم و گروه‌ها هستند نه عناصری حزبی و جناحی.
ثالثاً ناراحتی و تعجب اکثر مقلدین و حوزویان از این ملاقات را از کجا به دست آوردید؟
۲. خطاب به آیت‌الله شبیری گفته‌اید «مقام و احترام شما در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم، رهبری و شأن مرجعیت است».
به عرض می‌رساند مقام و احترام یک مرجع تقلید صرفاً در سایه احترام به نظام اسلامی حاکم نیست، بلکه بیشتر بستگی دارد به رفتار او در مقابل آن نظام که کارهای درست آن را تأیید کند و از کارهای نادرست آن انتقاد و از حقوق مردم دفاع کند. اساساً احترام هرکس تابعی از احترام و پایبندی او به حق و عدالت است. این تفکر شما ناشی از این فکر غلط است که نظام را معصوم می‌دانید.
علاوه بر این، مسئله طرفینی است، یعنی همان طور که مقام و احترام یک مرجع تقلید در سایه احترام او به نظام اسلامی حاکم است، احترام نظام اسلامی نیز در سایه احترام آن به مرجعیت است.
مسئله استقلال روحانیت و حوزه علمیه و مراجع تقلید از دولتها و حکومتها، مسئله‌ای است که سابقه طولانی در تاریخ تشیع دارد و به شدت مورد تأکید امام خمینی(ره) و شهید آیت‌الله مطهری حتی برای دوره جمهوری اسلامی بوده است. از نظر شهید مطهری روحانیت شیعه از نظر روحی متکی به خدا و از نظر اجتماعی متکی به مردم است و همیشه از دولتها جدا و در کنار مردم بوده است. این ویژگی حتی در جمهوری اسلامی نیز باید رعایت شود و روحانیت نباید دولتی و حکومتی شود. اصل ولایت فقیه در نگاه امام (ره) و شهید مطهری و مقام رهبری به این معنی نیست که سایر مراجع نادیده گرفته و احیاناً سرکوب شوند. به یاد دارم چند ماه قبل از پیروزی انقلاب اسلامی در مجلسی در قم فردی فریاد زد «برای سلامتی یگانه مرجع عالم تشیع حضرت آیت الله العظمی امام خمینی صلوات». پدرم ناراحت شد و آن فرد را صدا زد و به او گفت «این چه جمله‌ای بود که گفتی؟! ما غیر از امام مراجع دیگری هم داریم.» همین طور می‌دانید که ایشان در کتاب نهضتهای اسلامی از مراجع ثلاث آن روز و نقش آنها در پیشبرد نهضت در کنار امام خمینی به نیکی یاد می‌کنند؛ همه برای این که نهاد روحانیت اصالت دارد و باید حفظ شود نه فقط ولی‌فقیه.
۳. در پایان نامه خطاب به آیت‌الله شبیری فرموده‌اید «لازم است شؤون مرجعیت را رعایت فرموده و ترتیبی اتخاذ فرمایید این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد.»
اولاً خود شما با این جمله تهدیدآمیز شأن مرجعیت را رعایت کرده‌اید یا نه؟ ثانیاً چه کسی گفته ملاقات یک مرجع تقلید با افراد سابقه‌دار در انقلاب که احیاناً انتقاداتی نیز دارند خلاف شؤون مرجعیت است. آیا شؤون مرجعیت را جناب‌عالی بهتر از خود مراجع تشخیص می‌دهید؟ مگر مردم باید با اجازه شما به ملاقات این و آن بروند؟! ثالثاً این جمله را که به این مرجع عالیقدر دستور می‌دهید «این گونه مسائل دیگر تکرار نگردد» از چه موضعی می‌فرمایید. این جمله را فقط امام زمان علیه‌السلام می‌تواند به یک مرجع تقلید بگوید. در مجموع، نامه شما موجب وهن روحانیت و حوزه علمیه شد. امیدوارم به نحوی جبران بفرمایید.
با تقدیم احترام
علی مطهری»
افشار سلیمانی، سفیر پیشین ایران در جمهوری آذربایجان در گفتوگو با جامعه ایرانی:
اعضای کمیسیون اقتصادی مجلس در گفتوگو با جامعه ایرانی تشریح کردند: